Через неделю, 11 февраля 1964 г. Носенко вышел из самолета на базе Эндрюс ВВС США, что близ Вашингтона.
В СССР по факту бегства Носенко было заведено уголовное дело под кодовым названием «Ирод». 22 июня 1964 г. обвинительное заключение против Носенко, подготовленное в результате проведенных следственных действий, было утверждено заместителем Главного военного прокурора и направлено в Военную коллегию Верховного суда СССР, которая вынесла следующий приговор:
Носенко Юрия Ивановича признать виновным в измене Родине и на основании пункта «а» статьи 64 УК РСФСР подвергнуть смертной казни — расстрелу с конфискацией всего лично ему принадлежащего имущества.
На основании статьи 36 УК РСФСР лишить Носенко воинского звания «капитан» и внести предложение в Президиум
Верховного Совета СССР о лишении его правительственных наград.
Внести представление Председателю Комитета Государственной Безопасности при СМ СССР о лишении Носенко медали «За безупречную службу» III степени.
Приговор обжалованию и опротестованию в кассационном порядке не подлежит».
В результате проведенного в КГБ служебного расследования многие сослуживцы перебежчика понесли наказание. Начальник Второго главного управления генерал-майор Грибанов Олег Михайлович был отстранен от должности, а больше сотни сотрудников отозваны из зарубежных командировок и стали невыездными.
Опасаясь, что ЦРУ не выполнит своих обещаний, Носенко занервничал и стал топить свои переживания в алкоголе, что вскоре перешло в беспрерывный запой, и новая жизнь в Америке превратилась в кошмар.
Джеймс Джезус Энглтон, начальник контрразведки ЦРУ, считал, что побег Носенко служил способом, во-первых, чтобы отвлечь внимание от информации настоящего перебежчика Анатолия Голицина о «кротах» в ЦРУ, во-вторых, чтобы довести до Запада информацию о том, что КГБ не имеет никакого отношения к Освальду и к убийству Кеннеди. Эти подозрения на первый взгляд казались обоснованными.
Действительно, было весьма странно слышать, что КГБ не проявил внимания к Освальду, бывшему морскому пехотинцу, да еще и служившему оператором радара на военной базе самолетов-разведчиков «У-2» в Ацуги в Японии. К тому же, если Освальд убил президента по собственной инициативе, то вполне вероятно, что советское руководство могло «подкинуть» ЦРУ перебежчика в лице Носенко, чтобы убедить администрацию США в своей непричастности к убийству.
По указанию Энглтона, 4 апреля 1964 г. сотрудники ЦРУ провели допрос с пристрастием. Носенко был подвергнут проверке на детекторе лжи. А чтобы заставить его говорить правду, было решено независимо от фактических результатов проверки, сказать ему, что ее он не прошел, то есть уличен во лжи.
«Сотрудники ЦРУ стали кричать, что я вру; и в комнату немедленно ворвались несколько охранников, — вспоминал Носенко. — Они приказали мне встать к стене, раздеться и обыскали меня. После этого повели наверх, в одну из комнат на чердаке. Там была только металлическая кровать, прикрепленная к полу. Мне не сказали, для чего меня поместили сюда и на какой срок. Через несколько дней сотрудники ЦРУ начали допрос. Я старался сотрудничать добросовестно и вечерами даже записывал все, что мог вспомнить о КГБ. Допросы длились два месяца и были очень грубы и враждебны. Затем они вообще перестали приходить».
В изоляции Носенко находился с апреля 1964 г. по декабрь 1968 г. Особенно тяжелыми условия заключения были в учебном центре ЦРУ, на так называемой «Ферме», где Носенко содержался с августа 1965 г. по октябрь 1967 г.
Носенко доставили туда в наручниках, с завязанными глазами и поместили в бетонную камеру с решетками на дверях. В камере была только узкая железная кровать с матрацем, а постельное белье отсутствовало. Днем и ночью за ним наблюдали охранники. Чтобы чем-то занять себя, Носенко тайно из ниток разного цвета смастерил шахматы, но во время регулярно проводившегося обыска они были конфискованы.
Только спустя год с лишним ему разрешили 30-минутные прогулки на свежем воздухе в огороженном бетонным забором дворике и занятия физическими упражнениями.
Все это время Носенко интенсивно допрашивали, зачастую с применением все того же детектора лжи. Надо сказать, что все допросы ничего, кроме ничтожных деталей, не добавляли нового к уже сказанному.
Руководство ЦРУ между тем требовало от Энглтона окончательного разрешения сложившейся ситуации.
В 1967 г. новый Директор ЦРУ Ричард Хелмс поручил сотруднику управления безопасности Брюсу Соли вернуться к рассмотрению вопроса о причинах ухода Носенко на Запад.
В то же время Энглтон дал поручение своим подчиненным представить план решения проблемы.
Пит Бегли сотрудник, специализировавшийся на операциях против СССР и принимавший непосредственное участие в судьбе Носенко, к тому же разделявший точку зрения Энглтона, что данный перебежчик не что иное, как подстава КГБ, не замедлил с ответом. В своем письме Энглтону он изложил свое видение возможных путей разрешения проблемы.
Так, пунктом 5-м в перечне возможных акций значилась «ликвидация перебежчика»; под 6-м — «сделать его неспособным связно излагать свои мысли» (для этого предлагался набор психотропных препаратов); под 7-м — «помещение в дом для душевнобольных, не ввергая его самого в беспамятство».
Победила точка зрения Брюса Соли. В октябре 1968 г. он представил Директору ЦРУ доклад, в котором оправдывал Носенко. Доклад был тут же подвергнут острейшей критике со стороны Энглтона и приверженцев его точки зрения.